Eliminacje w ramach Ogólnopolskiego Konkursu Wiedzy Biblijnej przebiegają w trzech etapach: szkolnym, diecezjalnym i ogólnopolskim. Szczegółowe zasady wraz z zakresem i terminarzem określa Regulamin konkursu. Poniżej można się zapoznać z podstawowymi informacjami opisującymi krok po kroku przebieg konkursu.

Etap Szkolny
Za jego przeprowadzenie odpowiadają katecheci bądź szkolni koordynatorzy konkursu – wyznaczeni przez dyrektorów placówek.  Zarejestrowane wcześniej w konkursie szkoły otrzymują od organizatora pakiety zawierające: arkusze testowe oraz pytania dodatkowe (w przypadku koniecznej dogrywki) wraz z kluczem odpowiedzi dla komisji szkolnych. Autorami pytań na każdym poziomie eliminacji są bibliści Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie i Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego im. Jana Pawła II. Protokół z etapu szkolnego wypełnia się w formie on-line na stronie konkursowej, najpóźniej w ciągu 5 dni roboczych od przeprowadzenia eliminacji szkolnych.

Etap diecezjalny
Ten etap eliminacji przygotowują koordynatorzy diecezjalni konkursu, powołani przez organizatora. Do etapu diecezjalnego mogą awansować po trzy osoby z każdej biorącej udział w konkursie placówki, które w etapie szkolnym otrzymają najwyższą ilość punktów, lecz nie mniejszą niż 50% maksymalnej ilości punktów. Na eliminacje składają się dwie części: pisemna (test wyboru) oraz ustna, do której przechodzi siedem osób uzyskujących najwyższą ilość punktów w części pisemnej. W części ustnej uczestnicy odpowiadają na (te same) pytania w następujących po sobie trzech turach: za jeden, trzy i pięć punktów. Odpowiedzi ocenia komisja konkursowa, powołana przez organizatora. Trzy najlepsze osoby kwalifikują się do etapu ogólnopolskiego – finału konkursu.

Etap ogólnopolski – finał konkursu
Jest to dwudniowe spotkanie, na które obok eliminacji mających wyłonić zwycięzców danej edycji składają się wydarzenia modlitewno-formacyjne i artystyczne. W pierwszym dniu uczestnicy rozwiązują test pisemny, na podstawie którego siedem osób kwalifikuje się do części ustnej. Analogicznie do wcześniejszego etapu, do ścisłego finału może awansować siedem osób, które wykażą się największą wiedzą w teście. W drugim dniu wszyscy poznają siódemkę rywalizującą o pierwsze miejsca w konkursie i śledzą ich zmagania przed komisją. W części ustnej uczestnicy odpowiadają na te same pytania, aż do wyłonienia trojga zwycięzców. Koszt pobytu finalistów w Niepokalanowie jest pokrywany przez organizatora konkursu.